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Microb Cell Fact | 遵义医科大学冯昆团队揭示无柄灵芝培养物产生灵芝酸的机制

发布时间：2024-07-25

三萜类化合物已出现出诸多的菌物灵活性，其中包括抗肉瘤和抗病力毒功用。往往，三萜是按照甲羟戊酸经过人工的，并从非人工动植物和真菌感染中获取。遵义医科大学冯昆团队在Microb Cell Fact（IF=6.4）上发布了名为“Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile”的探索论文提纲。该探索发现三萜类单质野生虫草酸（GA）是进行气体的培养的无柄野生虫草菌丝体中二萜15,16-二氢丹参酮I（DHT）的怪物和转化了生成的。使用转录组和淀粉酶酶质组学能力进每一步找寻无柄虫草粉菌丝体中DHT生成二者虫草粉酸（GA）的制度化，并跟据几组学能力测量到的距离遗传基因和距离淀粉酶酶，预测未来DHT 怪物获得 GA 的路线。拜谱生物提供了转录组测序和TMT定量蛋白质组学技术，为研究二萜生物转化为三萜提供了丰富的组学信息和候选基因。

文章名称：Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile（Microb Cell Fact，IF=6.4，2023.7）

客户单位：遵义医科大学

研究材料：无柄灵芝真菌菌丝体

拜谱提供技术：转录组测序、TMT定量蛋白质组学

研究结果

1.转录混合物析和功能键几大类

实现对无柄虫草真菌孢子菌丝体进行转录组测序共的67230个转录本和14297个单染色体。在哪些单染色体中，493个被签别为差别的理解染色体（DEGs），进来213个理解上涨，279个理解调整（图1A）。GO聚集数据分享后，DEGs划分生物体具体步骤（BP）、受损细胞系材质（CC）和分子式效果（MF）3类。在BP门类中，有了前这几个子门类：抗菌药化解分解具体步骤，冰醋酸盐分解具体步骤和甲酸盐分解具体步骤;而在CC门类中，受损细胞系外区、突触混合体、突触架构是前这几个亚类。关于MF门类，甲酸脱氢酶（NAD）活力性、氧化反应恢复原酶活力性和酸氨（或酰胺）连到酶活力性是前这几个亚门类（图1B）。在DEGs的KEGG4g信号径路数据分享中，前30条聚集度极高的4g信号径路中含27条属分解，进来丁烷分解、乙醛酸盐和二羧酸盐分解、丙酸盐分解4g信号4g信号径路明显聚集（图1D）。

图1|转录成分析和效果几大类

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

2. 蛋白质组定量分析和功能分类

完成对无柄虫草病菌菌丝体选定淀粉酶质组学动态数据介绍，加起来选定了16,457种特别肽、2606种淀粉酶质和2588种一定量淀粉酶质。在域值|FC|>1.2和p<0.05的淘汰具体条件下，从这2606种淀粉酶质中，94种被亲子鉴定为差别展现淀粉酶（DEPs），里面52种调整，42种下跌（图2A），图2C现示了差别展现淀粉酶的聚类介绍法动态数据介绍热图。从GO动态数据介绍来看看，BP类型现示，基本都数DEPs做冰醋酸盐排泄阶段中、消炎药做分解成排泄阶段中和类药物做分解成排泄阶段中。CC类DEPs在神经元外区、过被氧化的物酶体和微体中的基数为最好，被氧化的复原酶可溶性和甲酸脱氢酶（NAD）可溶性在MF类中DEPs的基数最好（图2B）。与转录组结杲一样，KEGG径路动态数据介绍现示，多个DEPs在排泄中丰度，里面3条最丰度的手段是光合生物技术制品中的碳加固、碳排泄和MAPK电磁波径路（图2D）。显然，完成动态数据介绍GO动态数据库文件的CC对DEPs选定亚神经元地段定位动态数据介绍和标注（图2E），DEPs关键分布不均在神经元质（40.66%）、神经元膜（17.58%）、线粒体（12.09%）和内质网（8.79%），原理上是GAs生物技术制品合成视频的关键地段。

图2|核营养物质组的降钙素原检测定性分析和功能键效验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

3.转录组和蛋白质组数据相关性分析，RT-qPCR验证

过活物转变和剖析组得票率DEGs和DEPs做了维恩图，有20个一定的差异抒发表观遗传（图3A）。对转录组和蛋清质组中E组和C组共出的DEGs/DEPs开始聚类分折法分折，出现 mRNA和蛋清质左右有15-7个调整表观遗传和5-7个上涨表观遗传，DEGs和他译为的DEPs抒发平行呈正有关的，立于Pearson的有关的弹性系数分折，在转录组和蛋清质组左右加测到相对的较高的有关的性（R = 0.87）（图3C）。实时荧光定量PCR（RT-qPCR）探测报告单显示信息，E组和C组15个DEGs的描述级别性别差异为显著，这当中9个为上涨DEGs，俩个为调整DEGs（图3D）。DEGs在RT-qPCR中的描述发展与转录酚类化合物析报告单一直。

图3|血清质组的参考值分折和功能表核验

(图源：Wang X., et al., Microb Cell Fact., 2023)

拜谱小结

综上所述，该研究结果为真菌对天然产物的生物转化提供了新的见解，这将有助于开发更有效、更经济的方法，以方便的方式获得稀有的三萜。拜谱生物提供了转录组测序、TMT定量蛋白质组学转录组学技术，拜谱生物可提供完善成熟的转录组学、蛋白组学、代谢组学以及多组学联合产品技术服务体系。此外，拜谱生物推出的中药代谢组整体解决方案，基于更丰富、更专业的中药数据库，更高的数据质量、更优质的服务，可进行中药成分分析、中药入血/组织分析、网络药理学等分析，助力客户探索中药前言研究，欢迎致电咨询！

参考文献：Wang X, Wu H, Wong KH, Wang Y, Chen B, Feng K. Biotransformation of triterpenoid ganoderic acids from exogenous diterpene dihydrotanshinone I in the cultures of Ganoderma sessile. Microb Cell Fact. 2023 Jul 28;22(1):139. doi: 10.1186/s12934-023-02156-5.

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